已知農藥可能造成的各種健康問題，包括：具神經毒性、增加某些癌症、造成荷爾蒙混亂、和具有刺激性。美國 EWG 民間環保機構，每年利用美國政府的科學家們所提供的數據，整理出市場上蔬果的農藥污染的排名。2013 年度污染最髒的 12 項蔬果，依次是：蘋果、草莓、葡萄、芹菜、桃子、菠菜、甜彩椒、進口油桃、黃瓜、馬鈴薯、櫻桃、番茄、辣椒 (見附表51項排名)。又有夏季南瓜和綠葉蔬菜 (芥蘭和羽衣甘藍) 樣品，被驗出劇毒農藥。已知農藥殘留對幼嬰、兒童的健康破壞尤其嚴重，然而美國的瓶裝嬰兒食品並不安全。
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